Hlavním úkolem laboratoře je diagnostika hematoonkologických a hematologických onemocnění průtokovou cytometrií. Široké spektrum vyšetření dané mnoholetou zkušeností pracoviště a výborným technickým vybavením přesahuje rámec regionu. Laboratoř úzce spolupracuje na poli výzkumu s dalšími sekcemi CMBG především poskytováním zpracování biologických materiálů na přístrojích typu „cell sorter“ a mnohobarevnou analýzou.