Odborné pracovní skupiny
Biomedicínský výzkum na naší klinice probíhá v několika úzce provázaných úrovních. Odborné pracovní skupiny jsou složeny především z lékařů a klinických pracovníků. Tyto týmy zajišťují primárně diagnostiku a léčbu pacientů s určitými skupinami diagnóz v ambulantním i lůžkovém prozvozu. Podílejí se ale i na organizaci a chodu klinických hodnocení, výzkumných projektů a grantů.
Centrum molekulární biologie a genetiky (CMBG)
Centrum molekulární biologie a genetiky vzniklo jako součást naší kliniky a zabývá se specializovanou molekulárně biologickou diagnostikou v oblasti hematoonkologie, solidních nádorů, dědičných onemocnění a identifikace patogenů, dále cytometrickou a cytogenetickou diagnostikou v oblasti hematologie a hematoonkologie. Na pracovišti působí řada výzkumných týmů zabývajících se aplikovaným výzkumem v oblasti hematologie, onkologie a dalších oborů humánní medicíny. Centrum úzce spolupracuje s klinickými lékaři naší kliniky, Lékařskou fakultou Masarykovy univerzity a Středoevropským technologickým institutem (CEITEC).
Centrum molekulární biologie a genetiky
Výzkumná skupina Michaela Doubka
Výzkumná skupinka Michaela Doubka působí při naší klinice ve spolupráci s Masarykovou univerzitou a Středoevropským technologickým institutem (CEITEC). Cíle týmu vycházejí z předchozího výzkumu zaměřeného na problémy vrozených predispozic k leukémiím a jiným krevním onemocněním. Členové týmu se těmto problémům systematicky věnují od roku 2014.
Skutečná incidence většiny dědičných krevních poruch není známa. Většina z nich je vzácná nebo velmi vzácná, což znamená nízkou prevalenci definovanou jako méně než 1 případ na 2 000 lidí. Byly popsány dědičné genetické predispozice nebo původ v zárodečných buňkách například u syndromů selhání kostní dřeně, dědičných cytopenií nebo hematologických malignit.
Schopnost diagnostikovat vzácné dědičné krevní poruchy se zlepšila díky masivnímu paralelnímu sekvenování, ktreré generuje tak velké množství genetických informací, že vytváří nové výzvy pro přesné hodnocení a hlášení identifikovaných variant.
Cíle výzkumné skupiny:
- Analýza frekvence výskytu podezřelých patogenních variant v zdravé populaci
- Funkční analýza vybraných variant včetně použití metody CRISPR/Cas9
- Hodnocení vlivu variant na fenotyp
- Analýza změn v genomu během vývoje krevní poruchy
Specifická výzkumná témata:
- Funkční analýzy nových variant genů SBDS, CYCS, RUNX1, ETV6, DDX41
- Analýza variant ANKRD26 v populaci
- Analýzy variant spojených s poruchami červených krvinek
- Vliv pohlaví na incidenci a vývoj krevních onemocnění
- Vývoj akutní lymfoblastické leukémie a systémové mastocytózy
prof. MUDr. Michael Doubek, Ph.D. ()
Výzkumná skupina Karly Plevové
Tým vychází ze svých zkušeností a práce na projektech zaměřených na porozumění vlivu dědičných a získaných genomových variant, především v rakovinných buňkách. Takové studie jsou doplněny hodnocením exprese genů, epigenetických modifikací a dostupnosti chromatinu. Některé genomové varianty jsou velmi komplexní, často se rozprostírají na několika chromozomech, proto je nutné použít multifaktoriální analýzu zahrnující několik genomových, cytogenomových a výpočetních metod k odhalení jejich původní struktury a důsledků na expresi genomu.
Dále reorganizace genomu v důsledku chromozomálních defektů radikálně mění interakce genomových oblastí, což může vyvolat abnormální expresi. Proto je část výzkumu věnována analýze interakcí chromatinu a interagujících domén, jako jsou topologicky asociované domény (TADs). Konečně, progresi nádoru typicky provází intra-tumorová heterogenita, která je studována pomocí technologií s rozlišením na úrovni jednotlivých buněk a matematických modelů.
Výše uvedené experimenty generují značné množství dat, pro která tým implementuje vhodné a pokročilé analytické postupy. Pokud některé z výsledků mají potenciální využití v klinické praxi, tým vyvíjí uživatelsky přívětivé nástroje pro jejich hodnocení.
Cíle výzkumné skupiny:
- Studium genomových defektů, včetně genových mutací a chromozomálních abnormalit různého rozsahu, které přispívají ke vzniku, progresi a rezistenci onemocnění
- Výzkum dopadu narušení struktury genomu a jeho interakcí na patologické stavy
- Hodnocení změn v genové expresi a epigenetice, které mění vlastnosti buněk
- Využití pokročilých genomických metod (např. sekvenování třetí generace, technologie pro analýzu jednotlivých buněk, výpočetní přístupy) pro výzkum lidského genomu, ale také pro diagnostiku
- Vývoj výpočetních nástrojů pro analýzu a vizualizaci genomových dat, které usnadňují jejich srozumitelnou interpretaci
Specifická výzkumná témata:
- Dešifrování složitých strukturálních variant v genomu nádorových buněk pomocí pokročilých sekvenačních metod
- Výzkum abnormálních interakcí chromatinu vznikajících v důsledku genomových přestaveb v nádorových buňkách
- Analýza případů chronické lymfocytární leukémie s polyklonálním buněčným původem
Mgr. Karla Plevová, Ph.D. ()