Do dubna 1959 byla nemocnice v Bohunicích zásobována Ústavní lékárnou FN u sv.Anny. Dne 1. května 1959 se otevřela výdejna léků v bývalé ředitelské vile (dnešní personální oddělení). V té době pracovala v lékárně jen jedna magistra a jedna laborantka, tato lékárna sídlila ve čtyřech místnostech.
V roce 1961 přibyly do lékárny další dvě laborantky a lékárna začala nemocnici zásobovat i zdravotnickým materiálem.
Od roku 1962 se začalo s přípravou magistraliter. V roce 1968 lékárna čítala již šest zaměstnanců.
Od roku 1969 se začalo se zásobováním klinik infuzními roztoky.
V roce 1974 přibylo zásobování laboratorními chemikáliemi. V té době měla nemocnice 640 lůžek a 10 ambulancí.
V roce 1976 se zřídilo detašované pracoviště a vznikla výdejna v Psychiatrické léčebně v Černovicích.
1. ledna 1977 se stalo z výdejny v Bohunicích, která byla doposud oddělením lékárny na Pekařské, samostatné pracoviště KÚNZ – lékárna č. 2.
V lednu 1978 lékárna získala prostory v budově nově postavené školky na ulici Netroufalky (pro pamětníky za polem) a mohla se nadále rozrůstat na ploše 540m2.
Tak, jak se rozrůstala nemocnice, docházelo k dalšímu rozšiřování a rozvoji lékárny. Vybavila se přístrojovou technikou a jako první v Brně i výpočetní technikou. Nedostačující prostory a snaha přiblížit lékárnu nemocnici a ambulantnímu pacientovy vedly k přestěhování části lékárny, a to oddělení HVLP a oddělení výdeje na recepty, do staré části nemocnice do prostor po interní klinice.
V roce 1993 se vybudovalo nové pracoviště přípravy ALL-IN-ONE. Protože prostory lékárny byly stále nevyhovující a část lékárny (oddělení ZM – zdravotnický materiál) byla stále za polem, v roce 1998 po vzniku FN Brno byly vyčleněny finanční prostředky a nalezeny prostory v pavilonu „Z“ pro vznik nové Ústavní lékárny. Také v areálu PDM (pracoviště dětské medicíny) na ulici Černopolní byly vybudovány nové prostory pro detašovaný úsek Ústavní lékárny.
V roce 2000 byl vybudován detašovaný úsek ZM z části prostor stravovacího provozu.
V září roku 2002 bylo založeno oddělení přípravy cytostatik v 8. patře pavilonu „Z“, tedy v blízkosti stacionáře interní hematoonkologické kliniky.
V roce 2003 byly ve 3. patře lůžkového traktu zřízeny oddělení výdeje na recept a prodejna zdravotnického materiálu. V roce 2006 vzniklo další oddělení výdeje na recepty v přízemí nové budovy Diagnosticko-terapeutického centra.
V roce 2007 je uvedeno do provozu detašované pracoviště v areálu porodnice na Obilním trhu.
Od roku 2011 nahrazuje původní označení „Ústavní lékárna“ nový oficiální název „Nemocniční lékárna“.
V roce 2012 prochází oddělení cytostatik rekonstrukcí se současným rozšířením pracoviště v souvislosti s rostoucí potřebou zásobování cytostatiky.
V únoru 2014 se pro veřejnost otevírá nově vybudovaná lékárna při východu z areálu nemocnice směrem na ulici Jihlavská. Ve stejném roce je založeno oddělení klinické farmacie. Postupně se začíná plánovat vybudování zcela nové lékárny v přízemí pavilonu „L“, tedy výškové budovy. Nová lékárna má nahradit jednak stávající výdejnu léčiv v přízemí pavilonu „Z“, jednak výdejnu léčiv a zdravotnických pomůcek ve 3. patře pavilonu „L“.
Výstavba byla ukončena a nová lékárna otevřena v květnu 2018. O několik dní dříve došlo k ukončení provozu výše zmíněných lékáren v pavilonu „L“ a „Z“.
V současnosti jsou v provozu v areálu bohunické nemocnice 3 výdejny celkem s 12 výdejními místy. V areálu dětské nemocnice na ulici Černopolní fungují 2 výdejny s pěti výdejními místy a v porodnici jedna výdejna se dvěma výdejními místy.
V Nemocniční lékárně pracuje 123 zaměstnanců, z toho 41 farmaceutů, 48 farmaceutických asistentek, 12 THP a 19 sanitářů se 3 dělníky.
