Oddělení klinické mikrobiologie (OKM) se podílí na diagnostice infekčních chorob a na sledování dynamiky průběhu onemocnění, vyvolaných mikroorganismy jako jsou viry, mikroby, kvasinky, plísně, prvoci a jiní parazité. Ke své práci používá metody mikroskopické, kultivační, sérologické i moderní metody molekulárně biologické. Poskytuje podklady pro antibiotickou terapii i pro epidemiologická šetření. Součástí OKM je Antibiotické středisko, které provádí konsultační, organizační a odbornou činnost vztahující se k racionální antibiotické politice. Oddělení klinické mikrobiologie vyšetřuje klinický materiál po stránce mikrobiologické převážně od pacientů ambulantních nebo hospitalizovaných ve FN Brno, v menší míře i ze širší spádové oblasti zahrnující jižní 
Moravu. Laboratorní činnost je doplňována interpretací výsledků, konsultací antibiotické terapie, sledováním výskytu rezistentních kmenů a nozokomiálních nákaz. Pracoviště úzce spolupracuje s řadou jiných medicínských oborů. Ve spolupráci s nimi se podílí na řešení řady odborných studií a grantů.
Od června roku 2002 jsme nositelem certifikátu ISO 9001:2008.
Z naší historie
Oddělení klinické mikrobiologie vzniklo roku 1992 jako detašované pracoviště Mikrobiologického ústavu LF MU a FN u sv. Anny. Od dubna 1993 je samostatným oddělením, které zpočátku zajišťovalo jen bakteriologické služby pro FN Brno. Od května 1994 bylo pracoviště rozšířeno o úsek sérologie. V roce 2000 byla provedena stavební rekonstrukce části OKM v budově C (v úseku bakteriologie, technickém, ATB střediska a vedení pracoviště) a o dva roky později i v budově F (v úseku sérologie).
V roce 2006 byl pracovišti udělen statut akreditovaného pracoviště pro vzdělávací program v oboru lékařská mikrobiologie.
