Vedoucí laboratoře
prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.
Zástupce přednosty pro vědu a výzkum
Telefon: 532 232 663
E-mail:
Mgr. Renata Taslerová, Ph.D. - zástupce vedoucího laboratoře pro laboratorní provoz
Telefon: 532 232 843
Laboratoř: 532 233 085
Mgr. Jiří Šána, Ph.D. - zástupce vedoucího laboratoře pro biobanku, výzkum a rozvoj
Telefon: 532 232 663
Laboratoř: 532 233 085
E-mail:
_____________________________________________
Laboratoř molekulární patologie FN Brno je zaměřena na vyšetřování nukleových kyselin (DNA a RNA) pro účely diagnostiky, stanovení prognózy a predikce léčebné odpovědi u nádorových onemocnění. Pro tyto účely používáme především metodiku kvalitativní a kvantitativní real-time PCR, fluorescenční in situ hybridizace (FISH), Sangerova sekvenování, masivního paralelního sekvenování (NGS) a reverzní hybridizace na stripu.
Vyšetření provádíme převážně z tkání v parafínovém bloku (tkáně fixované 10% roztokem neutralizovaného pufrovaného formalínu a zalité do parafínu – FFPE), pro metody založené na principu real-time PCR také z tkání nativních a z cytologických nátěrů. Pro analýzu cirkulující nádorové DNA je použita nesrážlivá krev nebo zmražená plazma.
Výsledky všech molekulárních vyšetření jsou dostupné nejpozději do 14 dnů od příjmu do laboratoře, s výjimkou vyšetření metodou NGS.
Laboratoř molekulární patologie FN Brno je zařazena do sítě referenčních laboratoří prediktivní diagnostiky Společnosti českých patologů ČLS JEP.
Naše laboratoř je zapojena do následujících systémů externího hodnocení kvality:
a) EMQN EQA Scheme (mutace genů EGFR, KRAS, BRAF, BRCA1, BRCA2)
b) QuIP EQA Scheme (přestavba genů ALK, ROS1)
c) SEKK EQA Division Colorectal Carcinoma (mutace genů KRAS, NRAS, BRAF)
Přehled rutinně prováděných vyšetření v Laboratoři molekulární patologie
|
VYŠETŘENÍ |
BIOLOGICKÝ MATERIÁL |
METODA |
INDIKACE |
|
přestavba ALK |
tkáň (FFPE) |
FISH |
karcinom plic |
|
přestavba ROS1 |
tkáň (FFPE) |
FISH |
karcinom plic |
|
přestavba ALK^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
karcinom plic |
|
přestavba ROS1^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
karcinom plic |
|
přestavba RET^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
karcinom plic |
|
přestavba MET^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
karcinom plic |
|
translokace t(8;14), t(11;14), t(14;18) |
tkáň (FFPE) |
FISH |
lymfomy |
|
zlomy BCL2, BCL6, MALT1, MYC |
tkáň (FFPE) |
FISH |
lymfomy |
|
zlom EWSR1 |
tkáň (FFPE) |
FISH |
sarkomy |
|
amplifikace MYC, MYCN |
tkáň (FFPE) |
FISH |
neuroblastomy |
|
amplifikace EGFR |
tkáň (FFPE) |
FISH |
gliomy |
|
delece 1p/19q |
tkáň (FFPE) |
FISH |
gliomy |
|
delece CDKN2A |
tkáň (FFPE) |
FISH |
gliomy |
|
Chromozómová numerická změna +7/-10 |
tkáň (FFPE) |
FISH |
gliomy |
|
mutace EGFR |
tkáň (FFPE), cytologický nátěr, krevní plazma |
real-time PCR |
karcinom plic |
|
mutace KRAS, NRAS |
tkáň (FFPE), cytologický nátěr, krevní plazma |
real-time PCR, PCR + reverzní hybridizace |
kolorektální karcinom |
|
mutace BRAF |
tkáň (FFPE), cytologický nátěr, krevní plazma |
real-time PCR, PCR + reverzní hybridizace |
kolorektální karcinom, maligní melanom, gangliogliom |
|
mutace PIK3CA^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
karcinom prsu, kolorektální karcinom |
|
biomarkery mikrosatelitní instability (MSI) ^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
kolorektální karcinom, karcinom endometria aj. |
|
mutace POLE |
tkáň (FFPE) |
Sangerovo sekvenování |
karcinom endometria |
|
mutace IDH1, IDH2 |
tkáň (FFPE) |
Sangerovo sekvenování |
gliomy |
|
mutace IDH1, IDH2^ |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
real-time PCR |
gliomy |
|
mutace promotoru TERT |
tkáň (FFPE) |
Sangerovo sekvenování |
gliomy |
|
mutace genů pro histon H3 |
tkáň (FFPE) |
Sangerovo sekvenování |
gliomy |
|
metylace promotoru MGMT |
tkáň (FFPE) |
metylačně specifická PCR |
gliomy |
|
somatické mutace BRCA1, BRCA2, PALB2 |
tkáň (FFPE) cytologický nátěr |
NGS |
karcinomy prsu, ovaria, prostaty |
|
somatické mutace nádorově asociovaných genů, mikrosatelitní instabilitu (MSI) a mutační nálož (TMB) |
tkáň (FFPE) |
NGS - DNA panel (>500 genů) |
určuje Molekulárně onkologická indikační komise |
|
detekce fúzních genů a sestřihových variant |
tkáň (FFPE) |
NGS - RNA panel (>50 genů) |
určuje Molekulárně onkologická indikační komise |
|
Klonální přestavba TCRB, TCRG, IGH, IGK |
tkáň (FFPE) |
multiplex PCR |
T-, B-lymfomy |
^ označení flexibility
Koncept precizní onkologie
Společně s Interní hematologickou a onkologickou klinikou (IHOK) LF MU a FN Brno se podílíme na provozování Molekulárně onkologické indikační komise pro pacienty dospělého věku (Molecular Tumor Board), v rámci které se snažíme aplikovat do klinické praxe koncept tzv. precizní medicíny:
Pro Kliniku dětské onkologie FN Brno se společně s laboratořemi Středoevropského technologického institutu (CEITEC) podílíme na provozování Molekulárně onkologické indikační komise (Molecular Tumor Board) pro pacienty dětského věku. V několika posledních letech komise posuzovala řádově stovky dětí s vysoce rizikovými refrakterními solidními nádory a více než polovině byl na základě charakterizace nádorového genomu (celoexomové sekvenování, analýza transkriptomu, komplexní fúzní analýza, analýza methylomu) nabídnut individuální léčebný plán.
Výzkumná činnost
Laboratoř molekulární patologie je zodpovědná za provoz biobanky a poskytuje laboratorní podporu pro výzkumné projekty pracovníků z klinických provozů FN Brno. Mezi vlastní výzkumné aktivity patří především další rozvoj v oblasti precizní medicíny v onkologii, identifikace nových diagnostických a prediktivních biomarkerů. I zde probíhá intenzivní spolupráce se Středoevropským technologickým institutem (CEITEC), a to v oblasti výzkumu nekódujících RNA u solidních nádorů jako možných biomarkerů a terapeutických cílů. Pracovníci Laboratoře molekulární patologie jsou zapojeni do řady výzkumných grantových projektů v dané oblasti.
Vybrané publikace
Pokorna P, Lakka Klement G, Vasikova A, Kanderova V, Jezova M, Noskova K, Mudry P, Kyr M, Merta T, Bajciova V, Krenova Z, Palova H, Valik D, Zdrazilova Dubska L, Slaby O, Sterba J. Minimal Residual Disease-Guided Intermittent Dosing in Patients With Cancer: Successful Treatment of Chemoresistant Anaplastic Large Cell Lymphoma Using Intermittent Lorlatinib Dosing. JCO Precis Oncol. 2022 Jun;6:e2100525. doi: 10.1200/PO.21.00525.
Noskova H, Kyr M, Pal K, Merta T, Mudry P, Polaskova K, Ivkovic TC, Adamcova S, Hornakova T, Jezova M, Kren L, Sterba J, Slaby O. Assessment of Tumor Mutational Burden in Pediatric Tumors by Real-Life Whole-Exome Sequencing and In Silico Simulation of Targeted Gene Panels: How the Choice of Method Could Affect the Clinical Decision? Cancers (Basel). 2020 Jan 17;12(1):230. doi: 10.3390/cancers12010230.
Mudry P, Slaby O, Neradil J, Soukalova J, Melicharkova K, Rohleder O, Jezova M, Seehofnerova A, Michu E, Veselska R, Sterba J. Case report: rapid and durable response to PDGFR targeted therapy in a child with refractory multiple infantile myofibromatosis and a heterozygous germline mutation of the PDGFRB gene. BMC Cancer. 2017 Feb 10;17(1):119. doi: 10.1186/s12885-017-3115-x.
Pavelka Z, Zitterbart K, Nosková H, Bajčiová V, Slabý O, Štěrba J. Effective Immunotherapy of Glioblastoma in an Adolescent with Constitutional Mismatch Repair-Deficiency Syndrome. Klin Onkol. 2019 Winter;32(1):70-74. English. doi: 10.14735/amko201970.
Wiedermannova H, Mudry P, Pavlicek J, Tomaskova H, Hladikova A, Palova H, Vesela P, Slaby O, Sterba J. Risk factors for tumors or leukemia development in the first two years of life. Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub. 2022 Feb 11. doi: 10.5507/bp.2022.004.
Gojo J, Pavelka Z, Zapletalova D, Schmook MT, Mayr L, Madlener S, Kyr M, Vejmelkova K, Smrcka M, Czech T, Dorfer C, Skotakova J, Azizi AA, Chocholous M, Reisinger D, Lastovicka D, Valik D, Haberler C, Peyrl A, Noskova H, Pál K, Jezova M, Veselska R, Kozakova S, Slaby O, Slavc I, Sterba J. Personalized Treatment of H3K27M-Mutant Pediatric Diffuse Gliomas Provides Improved Therapeutic Opportunities. Front Oncol. 2020 Jan 10;9:1436. doi: 10.3389/fonc.2019.01436.
Klement GL, Arkun K, Valik D, Roffidal T, Hashemi A, Klement C, Carmassi P, Rietman E, Slaby O, Mazanek P, Mudry P, Kovacs G, Kiss C, Norga K, Konstantinov D, André N, Slavc I, van Den Berg H, Kolenova A, Kren L, Tuma J, Skotakova J, Sterba J. Future paradigms for precision oncology. Oncotarget. 2016 Jul 19;7(29):46813-46831. doi: 10.18632/oncotarget.9488.
Papez J, Starha J, Zerhau P, Pavlovska D, Jezova M, Jurencak T, Slaba K, Sterba M, Kerekes A, Merta T, Haluskova T, Palova H, Slaby O, Sterba J, Jabandziev P. Spindle Cell Hemangioma and Atypically Localized Juxtaglomerular Cell Tumor in a Patient with Hereditary BRIP1 Mutation: A Case Report. Genes (Basel). 2021 Feb 3;12(2):220. doi: 10.3390/genes12020220.
Nosková H, Adamcová S, Knoflíčková LDR, Pavelka Z, Vejmělková K, Zitterbart K, Slabý O, Štěrba J. Molecular Classification of Medullobastomas by Whole Genome Expression Profiling. Klin Onkol. 2019 Spring;32(Supplementum1):171-173. English. PMID: 31064192.
Polaskova K, Merta T, Martincekova A, Zapletalova D, Kyr M, Mazanek P, Krenova Z, Mudry P, Jezova M, Tuma J, Skotakova J, Cervinkova I, Valik D, Zdrazilova-Dubska L, Noskova H, Pal K, Slaby O, Fabian P, Kozakova S, Neradil J, Veselska R, Kanderova V, Hrusak O, Freiberger T, Klement GL, Sterba J. Comprehensive Molecular Profiling for Relapsed/Refractory Pediatric Burkitt Lymphomas-Retrospective Analysis of Three Real-Life Clinical Cases-Addressing Issues on Randomization and Customization at the Bedside. Front Oncol. 2020 Feb 7;9:1531. doi: 10.3389/fonc.2019.01531.
