Další genetická vyšetření

Preimplantační genetická analýza chromozomových abnormalit pomocí komparativní genomové hybridizace na oligonukleotidových DNA čipech (array-CGH)

Ve spolupráci s odborníky z Přírodovědecké fakulty MU v Brně a firmou Oxford Gene Technology, UK jsme na OLG FN Brno zavedli a validovali unikátní metodu preimplantačního genetického screeningu početních chromozomových aberací (aneuploidií) pomocí oligonukleotidových DNA čipů Single Cell Aneuploidy Array.

Tato metoda je vázána na spolupráci s centry asistované reprodukce a na techniky umělého oplodnění a umožňuje s vysokou citlivostí geneticky vyšetřit všechny chromozomy embrya před jeho implantací v děloze. K transferu do dělohy lze následně vybrat pouze embrya bez genetické zátěže.  První výsledky genetických vyšetření toto metodou byly prezentovány na konferencích ESHG v Paříži a ECA v Dublinu v červnu 2013.

 

Prenatální genetická diagnostika chromozomových abnormalit na oligonukleotidových DNA čipech (array-CGH)

Klasické cytogenetické vyšetření bylo dlouhá léta „zlatým standardem“ v prenatální genetické diagnostice (PGD). Mezi největší omezení této metody však patří časově náročná kultivace buněk a poměrně nízká rozlišovací schopnost. Časovou tíseň dokázaly překonat metody jako fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a kvantitativní PCR (QF-PCR); tyto metody však detekují pouze předem stanovené chromozomové aberace a neposkytují tak celogenomový přehled. Moderní celogenomové analýzy, mezi které se řadí i komparativní genomová hybridizace na čipech (array CGH), mají potenciál spojit rychlost DNA analýz s celogenomovým pohledem klasické cytogenetiky, co je v případě PGD více než žádoucí.

Pracovníci OLG FN Brno provádí prenatální vyšetření nebalancovaných chromozomových aberací na vysoce hustotních oligonukleotidových DNA čipech od firem Oxford Gene Technology, UK a Agilent Technologies, USA ze vzorků plodové vody. Toto vyšetření je dle současných poznatků doporučováno jako cytogenetický test prováděný v první linii, a to zejména v zejména v případě patologického ultrazvukového nálezu u plodu. Využití techniky array-CGH v prenatální genetické diagnostice je efektivní a to nejen pro možnost jeho rychlého provedení ale také pro vysokou citlivost, s kterou dokáže toto vyšetření odhalit i menší nebalancované změny chromozomů v karyotypu plodu.

 

Neinvazivní genetické vyšetření plodu z krve matky

Volná fetální DNA v mateřské plazmě (cffDNA) pocházející z apoptotických buněk trofoblastu je používána k nein­va­zivní pre­na­tální dia­gnos­tice (bez nutnosti odběru plodové vody či choriových klků). Na OLG FN Brno již byla zavedena a klinicky validována metoda analýzy cffDNA pro stanovení pohlaví plodu a zjiš­ťo­vání Rh sku­piny plodu u Rh nega­tiv­ních matek. OLG FN Brno pokračuje ve vývoji dia­gnos­tic­kých metod zalo­že­ných na cffDNA. Naším nej­bliž­ším cílem je nein­va­zivní dia­gnos­tika nej­čas­tějších fetál­ních ane­uploi­dií stanovením rela­tivní čet­nosti chro­mo­zom spe­ci­fic­kých frag­mentů cel­kové volné DNA v mateř­ské plazmě metodou masivního paralelního sekvenování

 

Molekulárně genetické vyšetření celiakie

Celiakie je autoimunitní choroba s celosvětovým výskytem postihující všechny věkové kategorie. Je způsobena celoživotní nesnášenlivostí lepku. Celiakie má těsnou genetickou vazbu na HLA-antigeny -DQ2 nebo -DQ8 a primární autoantigen (tkáňová transglutamináza, TG2). Hlavním genetickým faktorem celiakie je přítomnost specifických alel, a to HLA-DQA1*05-DQB1*02 (HLA-DQ2) a HLA-DQA1*03-DQB1*0302 (HLA-DQ8). Tyto alely se vyskytují u více než 90% pacientů s celiakií (ve srovnání s 25% v běžné populaci). Proto molekulárně genetická detekce HLA-DQ2 a HLA-DQ8 genotypů je velmi užitečným diagnostickým nástrojem, neboť u pacientů s gastrointestinální malfunkcí může být celiakie při absenci markerových alel DQ2 a DQ8 téměř vyloučena. V laboratoři OLG  provádíme genotypizaci HLA-DQ2 a HLA-DQ8 pomocí  CE kitu, který využívá SSP-PCR a přímou elektroforetickou detekci. Materiálem pro vyšetření je stěr bukální sliznice nebo periferní krev odebraná do zkumavky s EDTA.

 

Sekvenování nové generace („next-generation sequencing“, NGS) - rychlý a vysoce citlivý diagnostický postup

Sekvenování nové generace („next-generation sequencing“, NGS) je revoluční technologie, která poskytuje levné, správné a přesné informace o genomické sekvenci. Tato technologie od svého uvedení postupně téměř ovládla oblast základního či aplikovaného výzkumu zabývajícího se analýzou DNA. Nyní NGS vstupuje i do klinické diagnostiky. Jedná se zejména o aplikace, kde se vyžaduje velké množství sekvenačních informací případně vysoká citlivost.

Naše laboratoř používá NGS platformu GS Junior system od firmy Roche, který je založen na 454 technologii pyrosekvenování. GS Junior systém umožňuje velmi rychle sekvenovat stovky úseků DNA pocházejících od různých pacientů a s citlivostí záchytu až pod 1%.

Provádíme konkrétní diagnostické postupy, při nichž je využívána platforma  NGS, a to

  1. ultra-široké sekvenování amplikonů, tj. sekvenování desítek exonů genu zodpovědného za dané onemocnění u několika jedinců pomocí univerzálních primerů, fúzních primerů a multiplex PCR kombinovaného s masivním paralelním sekvenováním (MASTR)
  2. ultra-hluboké sekvenování amplikonů, zaměřené na velmi vysokou citlivost a s tím spojený záchyt velmi malého klonu DNA nebo RNA mutovaných sekvencí v analyzovaném biologickém vzorku pacienta
  3. sekvenování regionů lidského genomu asociovaných s genetickým onemocněním pomocí technologie Sequencing Capture

Na OLG FN Brno vyšetřujeme pomocísekvenování nové generace pacienty s cystickou fibrózou, nerofibromatózou typu 1 a zavádíme tento typ genetických analýz u maligní hypertermie.

 

Nadace ČEZ podpořila projekt „Genetické vyšetření u dětských pacientů s mentální retardací a vrozenými vývojovými vadami pomocí DNA mikročipů“

Mentální retardace (MR) se vyskytuje asi u 2-3% populace, přičemž těžké formy tohoto nevyléčitelného postižení vyřazují pacienta z běžného života. Na vzniku onemocnění se podílí řada faktorů, ať už jsou to faktory genetické nebo faktory životního prostředí. Původ onemocnění je odhalen asi u poloviny postižených, v ostatních případech zůstává příčina neobjasněna. Na OLG FN Brno přichází ročně průměrně 60 dětských pacientů s diagnózou mentální retardace, často v kombinaci s vrozenými vadami a různými faciálními stigmaty, přičemž doposud používané diagnostické postupy umožňují odhalit genetickou příčinu onemocnění pouze u nepatrné části pacientů.

V červnu 2013 schválila správní rada Nadace ČEZ finanční příspěvek na projekt „Genetické vyšetření u dětských pacientů s mentální retardací a vrozenými vývojovými vadami pomocí DNA mikročipů“,  který bude realizován na OLG FN Brno.

Hlavním přínosem tohoto projektu je genetické vyšetření dětských pacientů v současné době nejcitlivějším, avšak finančně nákladným diagnostickým postupem, a to celogenomovou analýzou s využitím technologie oligonukleotidových DNA mikročipů  (array-CGH).

Toto komplexní celogenomové vyšetření umožní mnohem účinněji odhalit genetické příčiny onemocnění u jednotlivých pacientů, což povede k přesnější diagnóze a prognóze jejich onemocnění a bude mít značný význam pro vyšetřované jedince i jejich rodiny z hlediska genetického poradenství.

 


zde může být Vaše reklama logo Zbrojovky Brno logo Lékaři bez hranic



CZ ENG DE

změnit velikost písma

Jihlavská 20, 625 00 Brno
+420 532 23 1111

NIAHOSM ISO 9001:2008 ISO 14001:2001